Hạn chế lớn nhất của vùng DBSCL là quỹ đất sạch rất ít, nhân lực tay nghề thấp,
70% hàng hóa ra vào ĐBSCL có nhu cầu vận chuyển đường thủy nhưng hiện
nay tàu lớn không vào được cảng vì luồng bị ách tắc. Đồng thời quy hoạch
phát triển chưa rõ ràng, dẫn đến chính sách thu hút đầu tư vào các
tỉnh, thành phố chưa hấp dẫn và còn chồng chéo.